Cụ thể, liên quan phương án tổ chức chạy tàu đoạn ga Hà Nội - ga Gia Lâm, hai bên thống nhất giảm tần suất tàu khách và tàu du lịch trên tuyến này. Các đoàn tàu phía Nam sẽ dừng tại ga Hà Nội; tàu từ phía Bắc dừng tại ga Gia Lâm. Những đoàn tàu được cắt giảm sẽ kết thúc hành trình tại ga Gia Lâm.

Thành phố dự kiến bổ sung điểm trung chuyển xe buýt tại khu vực nhà máy xe lửa Gia Lâm để kết nối hành khách giữa hai ga.

Đối với tàu hàng trên đoạn Hà Nội - Long Biên - Gia Lâm cũng sẽ dừng chạy. Toàn bộ tàu hàng sẽ được điều chuyển đi theo tuyến phía Tây hiện hữu (Bắc Hồng - Văn Điển). Thành phố phối hợp, hỗ trợ Tổng công ty Đường sắt Việt Nam khảo sát, bố trí khoảng 1ha đất khu vực phía ga Hà Đông (phường Phú Lương) làm bãi chứa hàng.

Bộ Xây dựng và UBND thành phố Hà Nội cũng thống nhất chủ trương chuyển giao kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia từ mặt ray trở xuống trên đoạn Hà Nội - Gia Lâm, bao gồm cầu Long Biên, để thành phố Hà Nội triển khai cải tạo, chỉnh trang, tái thiết đô thị gắn với bảo tồn và phát huy giá trị không gian lịch sử - văn hóa khu vực trung tâm.

Về phía Bộ Xây dựng đã quyết định thành lập tổ công tác liên ngành nhằm rà soát tính pháp lý, hiện trạng và xây dựng phương án tổng thể bàn giao tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia đoạn từ ga Hà Nội đến ga Gia Lâm cho UBND thành phố Hà Nội, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam tổ chức thực hiện.

Theo đó, Cục Đường sắt Việt Nam sẽ rà soát cơ sở pháp lý, phạm vi và hiện trạng tài sản; nghiên cứu phương án tổng thể gồm lộ trình thực hiện, phương án bàn giao, các hạng mục cần đầu tư và trách nhiệm của các bên liên quan. Tổ công tác sẽ tổng hợp, báo cáo Bộ Xây dựng và UBND thành phố Hà Nội xem xét, quyết định.