Theo các chuyên gia kinh tế, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực đăng ký doanh nghiệp đã tương đối hoàn thiện, bao gồm Luật Doanh nghiệp, các nghị định của Chính phủ và thông tư của Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Tuy nhiên, trong quá trình thi hành, Nghị định 01/2021/NĐ-CP của Chính phủ về đăng ký doanh nghiệp đã xuất hiện một số vướng mắc, cần phải được tiếp tục hoàn thiện hơn nữa để kịp thời đáp ứng nhu cầu của thực tiễn;  khắc phục những điểm hạn chế để tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho người dân và doanh nghiệp trong quá trình hoạt động sản xuất – kinh doanh nói chung và thực hiện thủ tục đăng ký doanh nghiệp nói riêng. 

Ông Nguyễn Khắc Huy, Phó Cục trưởng, Cục Quản lý đăng ký kinh doanh, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho hay, trên tinh thần tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp, đồng thời đảm bảo mục tiêu quản lý Nhà nước trong lĩnh vực đăng ký doanh nghiệp; đồng thời tôn trọng quyền tự chủ của doanh nghiệp; bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp... Bộ Kế hoạch và Đầu tư đang xây dựng và lấy ý kiến hoàn thiện dự thảo Nghị định về đăng ký doanh nghiệp và dự kiến ngày 15/9 tới sẽ trình Chính phủ. Dự kiến sẽ bỏ các quy định về hộ kinh doanh hay việc đăng ký kinh doanh của các tổ chức tín dụng.

Ngoài ra, bổ sung quy định về liên thông đăng ký doanh nghiệp, cấp mã số đơn vị tham gia bảo hiểm và khai trình việc sử dụng lao động; bổ sung quy định về kê khai thông tin cá nhân trong thực hiện thủ tục đăng ký doanh nghiệp, quy định về tình trạng pháp lý của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh hay bổ sung một số hướng dẫn theo Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư...

Theo ông Huy, với việc điều chỉnh và cập nhật các dữ liệu doanh nghiệp, sẽ giúp tiến tới tự động hóa quy trình đăng ký doanh nghiệp; tăng cường chất lượng dữ liệu về tình hình hoạt động của doanh nghiệp, xây dựng báo cáo phát triển kinh tế, xã hội, đề xuất các chính sách quản lý, chính sách hỗ trợ doanh nghiệp, song trước mắt có thể việc thực thi sẽ gặp phải một số hạn chế vì các cơ quan quản lý nhà nước chưa có sự đồng bộ về cơ sở dữ liệu hoặc một số bộ, ngành chưa có cơ sở dữ liệu về doanh nghiệp.

Đại diện Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), ông Đậu Anh Tuấn, Trưởng Ban pháp chế cho hay, lĩnh vực đăng ký doanh nghiệp đang đứng trước những yêu cầu, thách thức mới; trong đó, cần tiếp tục phát huy tinh thần cải cách, bảo vệ quyền tự do kinh doanh, đơn giản hóa thủ tục hành chính nhưng vẫn phải đảm bảo công tác quản lý Nhà nước 1 cách chặt chẽ và hiệu quả… Trong 25 năm qua thực hiện Luật Doanh nghiệp, đăng ký kinh doanh là lĩnh vực có sự đột phá, thành công nhất, bởi đã tạo ra những chuyển biến mạnh mẽ, sâu sắc đến nhiều lĩnh vực khác…

Đồng tình quan điểm, Luật sư Trần Thị Thanh Huyền, đại diện Văn phòng Luật sư NHQuang & Cộng sự cho rằng, đăng ký doanh nghiệp là hoạt động gia nhập thị trường của doanh nghiệp và cũng là hoạt động quan trọng xuyên suốt quá trình thành lập, hoạt động của doanh nghiệp. Hiện nay, việc đăng ký doanh nghiệp được thực hiện theo Nghị định 01/2021/NĐ-CP và đã có những tác động tích cực trong việc thực hiện các thủ tục hành chính, thể chế rõ tinh thần cải cách thủ tục hành chính trong lĩnh vực đăng ký doanh nghiệp của Chính Phủ. Tuy nhiên, qua quá trình triển khai thực hiện, bên cạnh những thuận lợi đạt được, doanh nghiệp vẫn còn gặp khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện các thủ tục, quy định về đăng ký doanh nghiệp trên thực tế. 

Luật sư Thanh Huyền nêu cụ thể, doanh nghiệp gặp khó khăn khi đăng ký ngành, nghề kinh doanh không được quy định tại Hệ thống ngành nghề kinh tế Việt Nam hoặc pháp luật chuyên ngành, việc được chấp thuận hay không phụ thuộc nhiều vào quan điểm của cơ quan đăng ký kinh doanh từng địa phương.

Thực tế, vướng mắc này đang là vấn đề “nhức nhối” cho doanh nghiệp, trong bối cảnh Luật Doanh nghiệp quy định: "Doanh nghiệp được tự do kinh doanh ngành, nghề mà Luật không cấm". Thêm vào đó, một số thủ tục chưa quy định rõ về trình tự, hồ sơ thực hiện dẫn tới cơ quan đăng ký kinh doanh từng địa phương có quan điểm áp dụng khác nhau, gây lúng túng cho doanh nghiệp và cơ quan đăng ký kinh doanh khi thực hiện. Một số quy định bị chồng chéo, gây lãng phí thời gian và nguồn lực của doanh nghiệp.

Trước thực trạng này, để giải quyết những khó khăn, vướng mắc nêu trên, đặc biệt là đối với vướng mắc - cùng một quy định nhưng có nhiều quan điểm, nhiều cách hiểu và áp dụng khác nhau, Luật sư Huyền đề xuất, quy định pháp luật về đăng ký doanh nghiệp cần cụ thể, rõ ràng, tường minh hơn, giúp thuận tiện cho doanh nghiệp và cơ quan đăng ký kinh doanh trong quá trình thực hiện.

Ngoài ra, Nghị định về đăng ký doanh nghiệp cũng cần đồng bộ quy định hướng dẫn về đăng ký doanh nghiệp từ thủ tục, biểu mẫu thực hiện đến cơ chế liên thông giữa các cơ quan khi thực hiện thủ tục liên quan đến đăng ký doanh nghiệp để đảm bảo tính thống nhất, đơn giản hóa thủ tục hành chính, giúp việc thực hiện các thủ tục được thuận lợi.

Từ phía doanh nghiệp, ông Okutani Masahiro, Tổng giám đốc Công ty TNHH YAMAHA Motor Việt Nam cho biết, công ty từng gặp vướng mắc trong việc thực hiện thủ tục thay đổi nội dung trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp "ERC" nhằm cập nhật thông tin của người đại diện theo pháp luật, nhưng đều bị từ chối. Việc này dẫn đến vấn đề các giao dịch và hoạt động kinh doanh bị gián đoạn và rủi ro pháp lý cho công ty cùng người đại diện theo pháp luật là rất cao.Hiện nay, vấn đề hiệu lựu giấy ủy quyền của công ty cũng đang gặp khó khăn.

Do đặc thù công ty nên Yamaha Việt Nam thường phải thay đổi người đại diện theo pháp luật định kỳ 4-5 năm/lần. Điều này dẫn tới việc mỗi khi Yamaha Việt Nam có thay đổi lại phải nội giấy ủy quyền mới, rất phức tạp, gây phát sinh số lượng công việc lớn. Công ty đề xuất, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cần có hướng dẫn cụ thể, giải quyết những bất cập gặp phải trong trường hớp cần ủy quyền hoặc thay đổi người đại diện. Điều quan trọng nhất là sự hỗ trợ để doanh nghiệp tự nguyện tuân thủ theo đúng tinh thần pháp luật.