Theo đó, Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố rà soát tình trạng nợ thuế và các khoản thu khác đối với các doanh nghiệp hoàn thuế giá trị gia tăng xuất khẩu từ năm 2020 đến tháng 8/2024, đến nay đã chuyển trạng thái mã số thuế về trạng thái không hoạt động tại địa chỉ, tạm ngừng kinh doanh, đang làm thủ tục đóng mã số thuế và các khoản nợ thuế, các khoản thu khác.

Đối với trường hợp doanh nghiệp còn nợ thuế và các khoản thu khác, cơ quan Hải quan thực hiện các biện pháp theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2019, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP để thu hồi nợ thuế và các khoản thu khác (nếu có).

Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu các đơn vị rà soát tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế. Theo đó, các đơn vị căn cứ khoản 11 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu về miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Theo quy định, trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế, không chịu thuế, người khai thuế cầm cố, thế chấp để làm tài sản đảm bảo các khoản vay, người khai thuế chưa kê khai tờ khai hải quan mới, nộp đủ thuế theo quy định của pháp luật về hải quan nhưng tổ chức tín dụng phải xử lý tài sản cầm cố, thế chấp theo quy định của pháp luật để thu hồi nợ theo quy định thì tổ chức tín dụng có trách nhiệm nộp thuế thay cho người khai thuế.

Đối chiếu với các quy định hiện hành, Tổng cục Hải quan đề nghị các đơn vị rà soát các dự án đã được hưởng chính sách ưu đãi đầu tư, hồ sơ nhập khẩu hàng hóa miễn thuế, thực tế sử dụng hàng hóa miễn thuế của các doanh nghiệp.

​Trên cơ sở đó, trường hợp cơ quan Hải quan phát hiện doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa cho dự án ưu đãi đầu tư đã được miễn thuế nhập khẩu nhưng thay đổi mục đích sử dụng chưa kê khai tờ khai hải quan mới, nộp đủ thuế theo quy định thì cơ quan Hải quan thực hiện ấn định thuế và xử phạt theo quy định của pháp luật.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế, không chịu thuế, người khai thuế cầm cố, thế chấp để làm tài sản đảm bảo các khoản vay, người khai thuế chưa kê khai tờ khai hải quan mới, nộp đủ thuế theo quy định của pháp luật về hải quan nhưng tổ chức tín dụng phải xử lý tài sản cầm cố, thế chấp theo quy định để thu hồi nợ thì tổ chức tín dụng có trách nhiệm nộp thuế thay cho người khai thuế theo quy định tại khoản 8 Điều 17 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.