Từ nay đến cuối năm 2016, ngành hải quan đặt mục tiêu ứng dụng toàn diện công nghệ thông tin trong tất cả các lĩnh vực nghiệp vụ hải quan; trong đó, tập trung lĩnh vực liên quan tới miễn, giảm, hoàn thuế, kết nối hệ thống với các cơ quan kinh doanh cảng, kho ngoại quan, cửa hàng miễn thuế, thủ tục quá cảnh, xử lý thông tin về hàng hóa và phương tiện vận tải qua đường biển, đường hàng không, đường bộ,… 

Bên cạnh đó, ngành hải quan mở rộng số lượng giao dịch thanh toán qua các ngân hàng đã ký thỏa thuận phối hợp thu. Đồng thời, triển khai Dự án cung cấp thông tin tờ khai cho các cơ quan liên quan và tiếp nhận xử lý thông tin nhận được từ Tổng cục Thuế. Đẩy nhanh tiến độ hoàn thành các dự án công nghệ thông tin đang triển khai. 

Tính đến cuối tháng 5/2016, Tổng cục Hải quan đã ký thỏa thuận hợp tác thu thuế xuất nhập khẩu bằng điện tử với 28 ngân hàng, với số thu chiếm 90,1% tổng số thu Ngân sách Nhà nước của hải quan. 

Việc triển khai kết nối trao đổi thông tin với các doanh nghiệp kinh doanh cảng, đã triển khai cho 05 doanh nghiệp kinh doanh cảng tại Hải Phòng. Đồng thời, nâng cấp các hệ thống công nghệ thông tin đáp ứng Luật Hải quan 2014 và yêu cầu quản lý nhà nước như: Nâng cấp hệ thống thông quan điện tử, hệ thống thông tin quản lý cơ sở dữ liệu giá tính thuế, quản lý cơ sở dữ liệu danh mục biểu thuế và phân loại mức thuế, hệ thống thông tin quản lý rủi ro để kết nối/ chuyển đổi dữ liệu với hệ thống VNACCS/VCIS (Hệ thống thông quan tự động). 

Ngoài ra, cơ quan này xây dựng phân hệ tiếp nhận và xử lý thông tin trước về hành khách trên các chuyến bay thương mại phục vụ thông quan điện tử và quản lý rủi ro (API), hệ thống thông tin hỗ trợ ra quyết định nghiệp vụ giai đoạn 1.../.