Trong mỗi đợt bão lũ, các công trình, vị trí xung yếu, khu vực trọng điểm như: cầu, hầm, đường yếu, dễ bị ngập nước, các công trình thông tin tín hiệu đường sắt là những đối tượng bị ảnh hưởng nặng nề, có nguy cơ mất an toàn và ảnh hưởng đến hoạt động giao thông toàn tuyến. 

Để chủ động ứng phó, Cục Đường sắt Việt Nam yêu cầu các cơ quan, đơn vị thực hiện nghiêm túc chế độ tuần tra, chốt gác các công trình, vị trí xung yếu, khu vực trọng điểm như: cầu, hầm, đường yếu, dễ bị ngập nước, các công trình thông tin tín hiệu đường sắt, đảm bảo thông tin thông suốt, phục vụ an toàn chạy tàu; khu vực hay xảy ra lũ quét, các đoạn đường đèo dốc, đá rơi, đất sụt, các khu vực đường sắt ở phía hạ lưu đê, đập thủy lợi, hồ chứa nước...

Các cơ quan, đơn vị chủ động tập trung vật tư, thiết bị và nhân lực sẵn sàng khắc phục hậu quả mưa, lũ và đảm bảo giao thông thông suốt, phải đảm bảo an toàn cho người, thiết bị thi công, cho các hạng mục công trình khi bị ảnh hưởng bởi mưa, lũ khi có sự cố xảy ra; cần đặc biệt chú ý các công trình ở miền núi hay có lũ đột xuất.

Khi xảy ra thiên tai, chỉ đạo các đơn vị điều chỉnh kế hoạch khai thác, chạy tàu để giảm số lượng các chuyến tàu chạy qua hoặc dừng đỗ ở những khu vực bị ảnh hưởng bởi thiên tai; xây dựng phương án bảo quản hàng hóa, vận chuyển vật tư dự phòng, chuyển tải hành khách, chuẩn bị đầy đủ lương thực, thực phẩm, nước uống, thuốc men, vật dụng y tế trong trường hợp phải ngừng tàu do mưa lũ gây ra. Đồng thời, thực hiện nghiêm túc chế độ trực và báo cáo về Ban Chỉ huy Phòng thủ dân sự Bộ Xây dựng, Ban Chỉ huy Phòng chốn thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn, Cục Đường sắt Việt Nam khi có sự cố, thiên tai xảy ra trên trên các tuyến đường sắt quốc gia theo quy định.

Đối với các phòng trực thuộc, Cục Đường sắt Việt Nam yêu cầu chủ động theo dõi, phối hợp với các đơn vị trong công tác khắc phục hậu quả do mưa, lũ gây ra; thường xuyên cập nhật diễn biến tình hình mưa, lũ và những thiệt hại do mưa, lũ gây ra (nếu có), báo cáo kịp thời về Ban chỉ huy Phòng chốn thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn, Cục Đường sắt Việt Nam.

Các Phòng Quản lý an toàn đường sắt kịp thời cử cán bộ tham gia công tác khắc phục hậu quả của bão và phối hợp giữ gìn an ninh trật tự đường sắt trên địa bàn phụ trách. Đồng thời, thực hiện nghiêm túc chế độ trực theo đúng quy định.