Theo quyết định do Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi ký, Khu bảo tồn biển Lý Sơn được thực hiện trên phạm vi 7.925 ha, trong đó diện tích mặt nước biển là 7.113 ha.

Khu bảo tồn được chia thành 3 vùng chức năng gồm: Vùng bảo vệ nghiêm ngặt, bảo vệ hệ sinh thái vùng triều, cỏ biển và rạn san hô độ sâu từ 3 đến 20 m; vùng phục hồi sinh thái thuộc khu vực đảo Lớn và đảo Bé trên diện tích gần 2.000 ha, bảo vệ các loài sinh vật biển; vùng phát triển trên diện tích 4.500 ha gồm âu cảng và phần biển bao quanh.

Ngoài ra, Quyết định còn xác định rõ vành đai bảo vệ Khu bảo tồn được xác lập trên 2.500 ha xung quanh để đảm bảo an toàn trong quá trình bảo tồn biển. Các hoạt động như bảo vệ môi trường, ngăn chặn khai thác nguồn lợi sinh vật trái phép, phục hồi hệ sinh thái, tái tạo nguồn lợi, nghiên cứu thăm dò khảo sát, khảo cổ, phát triển hình thái du lịch cộng đồng sẽ được triển khai trong chương trình bảo tồn biển. Tổng kinh phí đầu tư Khu bảo tồn biển Lý Sơn trên 33,8 tỷ đồng.

Lý Sơn có vùng biển với độ đa dạng sinh học cao, hệ sinh thái điển hình như rạn san hô, thảm cỏ biển và nhiều hải sản quý hiếm. Những năm gần đây, độ đa dạng sinh học ở vùng biển Lý Sơn bị suy giảm nghiêm trọng bởi tình trạng đánh bắt thủy hải sản quá mức và bằng phương tiện mang tính hủy diệt như thuốc nổ, lưới kéo. Do vậy, việc thành lập Khu bảo tồn biển Lý Sơn được xem là giải pháp cấp thiết để bảo tồn, gìn giữ và bảo vệ hệ sinh thái cũng như nâng cao nhận thức cho người dân ở vùng biển Lý Sơn./.