Dự thảo của Bộ Tài chính cho biết, qua 15 năm thực hiện, Luật Thuế giá trị gia tăng đã đạt được các kết quả quan trọng như đã góp phần tháo gỡ khó khăn và thúc đẩy sản xuất kinh doanh phát triển, chú trọng đến khuyến khích phát triển nông nghiệp, giảm chi phí đầu vào cho hoạt động sản xuất nông nghiệp; giảm chi phí đối với hàng hóa, dịch vụ thiết yếu góp phần vào đảm bảo an sinh xã hội. Tuy nhiên, dự thảo cũng bộc lộ một số tồn tại, hạn chế.

Theo đó, số lượng nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế còn nhiều (26 nhóm) và không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào làm tăng chi phí sản xuất của doanh nghiệp và làm tăng giá bán ra, ảnh hưởng đến các doanh nghiệp trong chuỗi cung ứng.

Bên cạnh đó, việc áp dụng các mức thuế suất hiện nay gồm 3 mức 0%, 5% và 10% đối với các nhóm mặt hàng còn chưa phù hợp. Đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng thuế suất 5% còn nhiều (14 nhóm hàng hóa, dịch vụ) chưa phù hợp với định hướng cải cách hệ thống thuế, tiến tới áp dụng 1 mức thuế suất phổ thông. Việc xác định thuế suất đối với một số hàng hóa dựa vào mục đích sử dụng nên gây vướng mắc cho cả cơ quan thuế và người nộp thuế.

Đối với doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng có mức từ 100 triệu đồng trở xuống/năm cần phải nghiên cứu điều chỉnh cho phù hợp mức biến động của giá và một số yếu tố khác cho phù hợp bối cảnh kinh tế - xã hội.

Bộ Tài chính cũng cho biết, quy định về giá tính thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh bất động sản còn có cách hiểu khác nhau giữa người nộp thuế và cơ quan thuế. Đồng thời, quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào cần phải chặt chẽ hơn nữa để góp phần ngăn chặn gian lận trong khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng, chống thất thu ngân sách.

Do đó, cần phải nghiên cứu bổ sung quy định hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp sản xuất cung ứng hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5% mà đầu vào chủ yếu áp dụng thuế suất 10%; nghiên cứu sửa đổi quy định về hoàn thuế đối với dự án đầu tư để xử lý bất cập phát sinh trong thực tế và tạo điều kiện cho doanh nghiệp đầu tư, đổi mới công nghệ thông qua đó tăng năng suất lao động, tăng khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Bộ Tài chính cho rằng cần thiết phải ban hành Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi nhằm hoàn thiện quy định về chính sách thuế giá trị gia tăng để bao quát toàn bộ các nguồn thu, mở rộng cơ sở thu; bảo đảm tính minh bạch, dễ hiểu, dễ thực hiện để góp phần nâng cao năng lực và hiệu quả của hoạt động quản lý thuế trong phòng, chống trốn thuế, thất thu và nợ thuế; đảm bảo thu đúng thu đủ vào ngân sách nhà nước., đảm bảo ổn định nguồn thu ngân sách nhà nước.

Đặc biệt, khắc phục các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện Luật thuế giá trị gia tăng thời gian qua; tháo gỡ bất cập, chồng chéo trong hệ thống pháp luật thuế giá trị gia tăng và bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ với các pháp luật liên quan; bảo đảm tính khả thi, minh bạch và thuận lợi cho tổ chức thực hiện, khơi thông, phát huy nguồn lực cho phát triển kinh tế - xã hội

Dự thảo đã đề xuất sửa đổi một số vấn đề như sửa đổi mức doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng của hộ, cá nhân kinh doanh từ mức 100 triệu đồng/năm thành 150 triệu đồng/năm. Bộ Tài chính cho rằng, kể từ khi Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật  thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 có hiệu lực (01/01/2014) cho đến nay, CPI đã  tăng nhiều. Theo đó, việc điều chỉnh mức doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ của hộ, cá nhân kinh doanh cho phù hợp với mức biến động của giá cả là cần  thiết trong bối cảnh kinh tế - xã hội hiện nay.