Theo đó, hàng năm các hồ Hủa Na, Đồng Văn, Cửa Đạt, Xuân Minh, Trung Sơn, Thành Sơn, Hồi Xuân, Bá Thước 1, Bá Thước 2 và Cẩm Thủy 1 trên lưu vực sông Mã phải vận hành theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên.

Cụ thể, trong mùa lũ phải đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Xuân Minh, không để nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Thành Sơn, Hồi Xuân, Bá Thước 1, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 500 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Hủa Na, Đồng Văn, Trung Sơn, Bá Thước 2 và Cẩm Thủy 1, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình hồ chứa nước Cửa Đạt, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm.

Bên cạnh đó, đảm bảo mực nước sông Chu tại Xuân Khánh không vượt quá cao trình 13,71 m với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm; đảm bảo mực nước sông Mã tại Lý Nhân không vượt quá cao trình 13 m với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 50 năm; đảm bảo hiệu quả cấp nước và phát điện.

Trong mùa cạn, đảm bảo an toàn công trình; đảm bảo dòng chảy tối thiểu trên sông và nhu cầu sử dụng nước ở hạ du; đảm bảo hiệu quả phát điện.

Các hồ chống lũ cho hạ du vận hành theo nguyên tắc không cho phép sử dụng phần dung tích hồ từ cao trình mực nước dâng bình thường đến cao trình mực nước lũ kiểm tra để điều tiết lũ khi các van của công trình xả chưa ở trạng thái mở hoàn toàn đối với các hồ Hủa Na, Xuân Minh, Trung Sơn, Thành Sơn, Hồi Xuân, Bá Thước 1, Bá Thước 2 và Cẩm Thủy 1, trừ trường hợp đặc biệt theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai.

Khi vận hành chống lũ cho hạ du phải tuân thủ theo quy định về trình tự, phương thức đóng, mở van các công trình xả đã được cấp có thẩm quyền ban hành, bảo đảm không gây lũ nhân tạo đột ngột, bất thường đe dọa trực tiếp đến tính mạng và tài sản của nhân dân khu vực ven sông ở hạ du hồ chứa.

Trong thời kỳ mùa lũ, khi chưa tham gia vận hành chống lũ cho hạ du, mực nước các hồ chứa không được vượt mực nước cao nhất trước lũ: Hồ Hủa Na 235m, hồ Cửa Đạt 110 m, hồ Trung Sơn 150 m./.