Phạm vi lập quy hoạch gồm toàn bộ diện tích lưu vực sông Mã nằm trong lãnh thổ Việt Nam thuộc địa giới hành chính các tỉnh: Điện Biên, Sơn La, Hòa Bình, Thanh Hóa, Nghệ An với tổng diện tích 17.653 km2 và được phân chia thành 8 tiểu vùng quy hoạch gồm: thượng sông Mã; trung sông Mã; Nam sông Mã - Bắc sông Chu; Bắc sông Mã; lưu vực sông Bưởi; lưu vực sông Âm; thượng sông Chu; Nam sông Chu.

Mục tiêu tổng quát nhằm bảo đảm an ninh nguồn nước trên lưu vực sông, tích trữ, điều hòa, phân phối tài nguyên nước một cách công bằng, hợp lý, khai thác, sử dụng tiết kiệm, hiệu quả nguồn nước gắn với bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước nhằm đáp ứng nhu cầu nước cho dân sinh, phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh, bảo vệ môi trường, bảo tồn hệ sinh thái, thảm phủ thực vật và đa dạng sinh học.

Mục tiêu tiếp theo là bảo vệ tài nguyên nước, phòng chống suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm nguồn nước và tác hại do nước gây ra gắn với phát triển kinh tế, bảo vệ môi trường, di sản, di tích lịch sử văn hóa; có lộ trình phục hồi nguồn nước bị suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm, đáp ứng yêu cầu quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông và thích ứng với biến đổi khí hậu. Từng bước thực hiện mục tiêu chuyển đổi số quốc gia trên cơ sở xây dựng, vận hành hệ thống thông tin, dữ liệu tài nguyên nước, bảo đảm kết nối với hệ thống thông tin tài nguyên môi trường, các ngành có khai thác, sử dụng nước.

Theo Quy hoạch, phấn đấu đến năm 2030, 60% các vị trí duy trì dòng chảy tối thiểu trên sông được giám sát, có lộ trình giám sát tự động, trực tuyến phù hợp. 100% các nguồn nước liên tỉnh được công bố khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải; 80% công trình khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước được giám sát vận hành và kết nối hệ thống theo quy định.

100% hồ, ao có chức năng điều hòa, có giá trị cao về đa dạng sinh học, lịch sử, văn hóa, tín ngưỡng không được san lấp được công bố và quản lý chặt chẽ. 100% khu công nghiệp, cụm công nghiệp đang hoạt động có hệ thống xử lý nước thải tập trung...

Tầm nhìn đến năm 2050, duy trì, phát triển tài nguyên nước, điều hòa, phân phối nguồn nước bảo đảm an ninh nguồn nước, thích ứng với biến đổi khí hậu, bảo vệ di sản, di tích lịch sử văn hóa và phù hợp với các điều ước quốc tế, hợp tác song phương liên quan đến tài nguyên nước mà Việt Nam đã tham gia.

Bên cạnh đó, tăng cường bảo vệ tài nguyên nước, bảo đảm số lượng, chất lượng nước đáp ứng các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội và giảm thiểu tối đa tác hại do nước gây ra. Hoạt động quản lý, khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước được thực hiện theo phương thức trực tuyến trên cơ sở quản trị thông minh.

Ngoài ra, phòng, chống sạt, lở bờ sông, suối có hiệu quả, kiểm soát được cao độ đáy sông, hoạt động khai thác cát, sỏi lòng sông; bố trí lại dân cư ven sông và các biện pháp khác để từng bước nâng cao giá trị cảnh quan ven sông; kiểm soát được ngập úng do mưa, lũ thông qua các biện pháp phi công trình, công trình trữ nước tại vùng ngập, vùng trũng...

Nội dung quy hoạch bao gồm: Chức năng nguồn nước; quản lý, điều hòa, phân phối nguồn nước góp phần bảo đảm an ninh nguồn nước cho các mục đích khai thác, sử dụng và các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội trong vùng quy hoạch; quản lý khai thác, sử dụng nước mặt bảo đảm dòng chảy tối thiểu trên sông; nguồn nước dự phòng cấp cho sinh hoạt tại các khu vực có nguy cơ ô nhiễm nguồn nước; công trình đập, hồ chứa, công trình điều tiết, tích trữ nước, phát triển nguồn nước; phòng, chống sạt, lở lòng, bờ, bãi sông, hồ...