Theo ông Đào Ngọc Sơn, Phó Vụ trưởng Vụ Kê khai và Kế toán thuế, Tổng cục Thuế, trong Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về hoàn thuế giá trị gia tăng có một số điểm mới so với quy định trước đây nhằm đảm bảo tính tập trung, đầy đủ và có hệ thống.

Cụ thể, việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế; thực hiện hoàn thuế cho hàng hoá của người nước ngoài; việc hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa không thuộc phạm vi điều chỉnh của thông tư này.

Bên cạnh đó, thông tư làm rõ nguyên tắc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng; cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng....

Đặc biệt, Thông tư 99 nêu rõ trách nhiệm của cơ quan thuế trong tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng. Văn bản quy định rõ thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng bao gồm 2 mô hình phân cấp.

Cụ thể, 4 tỉnh, thành phố: Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (cục thuế, chi cục thuế) thực hiện: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn; xác định số tiền thuế nợ, đề xuất số tiền được hoàn...

Riêng chi cục thuế sau khi hoàn thành các công việc nêu trên, chuyển hồ sơ về cục thuế. Cục thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế, ban hành quyết định hoàn và chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Đối với 59 tỉnh, thành phố còn lại, cục thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế bao gồm cả người nộp thuế do chi cục thuế quản lý trực tiếp.

Bên cạnh đó, Thông tư 99 bổ sung hướng dẫn trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng.

Hoặc qua thanh tra, kiểm tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định thì cơ quan thuế được yêu cầu cơ quan, tổ chức có liên quan cung cấp để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự./.