Theo đó, các cơ chế, chính sách đặc thù, đặc biệt gồm: Về huy động và bố trí nguồn vốn đầu tư; Trình tự, thủ tục đầu tư dự án đường sắt đô thị, dự án đường sắt đô thị theo mô hình Phát triển đô thị theo định hướng giao thông công cộng (TOD); Phát triển công nghiệp đường sắt, chuyển giao công nghệ và đào tạo nguồn nhân lực; Chính sách về vật liệu xây dựng và bãi đổ thải; Các quy định áp dụng riêng cho Thành phố Hồ Chí Minh...

Về huy động và bố trí nguồn vốn đầu tư, Nghị quyết quy định: Trong quá trình chuẩn bị đầu tư, thực hiện đầu tư các dự án thuộc danh mục dự án dự kiến tại Phụ lục kèm theo Nghị quyết này, Thủ tướng Chính phủ được quyết định một số nội dung.

Cụ thể, căn cứ khả năng cân đối, bố trí kế hoạch đầu tư công trung hạn, hằng năm vốn ngân sách trung ương bổ sung có mục tiêu cho ngân sách địa phương tối đa không vượt 215.350 tỷ đồng cho thành phố Hà Nội và tối đa không vượt 209.500 tỷ đồng cho Thành phố Hồ Chí Minh trong các kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2026 - 2030 và 2031 - 2035 làm cơ sở quyết định đầu tư và thực hiện đầu tư các dự án.

Việc phân bổ vốn quy định tại điểm này được sử dụng nguồn tăng thu, tiết kiệm chi ngân sách trung ương hằng năm (nếu có) và các nguồn vốn hợp pháp khác; trường hợp sử dụng nguồn tăng thu, tiết kiệm chi ngân sách trung ương hằng năm thì không phải thực hiện thứ tự ưu tiên theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.

Ngoài ra, Thủ tướng Chính phủ được quyết định huy động vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn vay ưu đãi nước ngoài để thực hiện các dự án và không phải lập đề xuất dự án sử dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi nước ngoài theo quy định của pháp luật có liên quan; áp dụng theo quy định của nhà tài trợ nước ngoài trong trường hợp pháp luật Việt Nam chưa có quy định hoặc đã có quy định nhưng khác với quy định của nhà tài trợ nước ngoài.

Hội đồng nhân dân Thành phố có trách nhiệm cân đối, bố trí kế hoạch đầu tư công trung hạn, hằng năm vốn ngân sách địa phương làm cơ sở quyết định đầu tư và thực hiện đầu tư các dự án thuộc danh mục dự án dự kiến tại Phụ lục kèm theo Nghị quyết này từ các nguồn, gồm: Ngân sách địa phương trong các kỳ trung hạn và hằng năm bao gồm cả vốn vay nước ngoài của Chính phủ cho vay lại, vốn trái phiếu chính quyền địa phương; Nguồn tăng thu, tiết kiệm chi hằng năm (nếu có) mà không phải thực hiện thứ tự ưu tiên theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước; Các nguồn vốn hợp pháp khác.

Các dự án thuộc danh mục dự án dự kiến tại Phụ lục kèm theo Nghị quyết này được bố trí vốn qua các kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn, mức vốn bố trí mỗi kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn phù hợp với tiến độ thực hiện từng dự án và không giới hạn phần vốn chuyển tiếp của các dự án sang kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn tiếp theo.

Để thực hiện các dự án đường sắt đô thị, dự án đường sắt đô thị theo mô hình TOD, Ủy ban nhân dân thành phố được quyết định: Sử dụng dự phòng ngân sách địa phương hằng năm; Ứng trước dự toán ngân sách địa phương năm sau bảo đảm không quá 50% dự toán chi đầu tư xây dựng cơ bản năm thực hiện của các công trình xây dựng cơ bản thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn vốn ngân sách địa phương đã được phê duyệt.