Trên địa bàn quận Thủ Đức, đoạn giao nhau giữa đường Tô Ngọc Vân và đường sắt Bắc Nam bị ngập sâu. Tại đường Tô Ngọc Vân, có rất nhiều ô tô, xe máy lưu thông vào buổi sáng dẫn đến giao thông bị ùn tắc, các phương tiện đi chuyển rất chậm trong nước ngập. Trong khi đó, tuyến đường Võ Văn Ngân (đoạn từ trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật đến vòng xoay ngã 5 chợ Thủ Đức), nước mưa chảy xiết, các phương tiện di chuyển rất khó khăn. Đặc biệt, nước mưa từ các khu vực xung quanh đổ về chợ Thủ Đức khiến chợ bị ngập sâu, các tiểu thương phải gấp rút đưa hàng hóa lên cao để tránh bị ngập.

Quốc lộ 13 từ chân cầu Bình Triệu đến đoạn giáp tỉnh Bình Dương đi qua phường Hiệp Bình Chánh, Hiệp Bình Phước (quận Thủ Đức) cũng bị ngập sâu khiến các phương tiện di chuyển khó khăn. Nhiều đoạn bị ngập sâu gần 40 cm, xe máy, xe ô tô bị ùn ứ, nhiều xe bị chết máy vì ngập nước phải dắt bộ trên vỉa hè. Xa lộ Hà Nội đoạn từ chân cầu Rạch Chiếc đến chân cầu Sài Gòn bị ngập sâu, nhiều đoạn ngập cao hết bánh xe máy khiến giao thông bị ùn ứ, một số xe bị chết máy vì ngập nước .

Tương tự, đường Nguyễn Hữu Cảnh (quận Bình Thạnh) đoạn từ cầu Sài Gòn đến cầu Thủ Thiêm cũng ngập sâu khiến giao thông rối loạn; nhiều ô tô, xe máy phải xếp hàng dài chờ nước rút. Đường Huỳnh Tấn Phát (quận 7) bị ngập sâu, rất nhiều xe tải, ô tô, xe máy chen lấn ở các làn đường dẫn đến tình trạng ùn ứ kéo dài, người dân trong khu vực đã dùng vật dụng cảnh báo để người đi đường tránh các hố sâu. Các nhà dân hai bên đường phải dùng bạt, bao cát chặn trước cửa ngăn không cho nước tràn vào nhà.

Trên đường Quốc Hương (quận 2), đặc biệt là đoạn qua trường Đại học Văn hóa Thành phố Hồ Chí Minh bị ngập sâu khiến sinh viên ra - vào trường gặp khó khăn.

Các tuyến đường Trương Vĩnh Ký, Mã Lò, Tân Kỳ Tân Quý, Lê Văn Quới (quận Tân Phú) cũng bị ngập sâu trong khi lượng xe lưu thông trên các tuyến đường này rất đông khiến giao thông bị ùn ứ.

Sáng 14/9, các công nhân của Công ty Thoát nước đô thị Thành phố Hồ Chí Minh đã có mặt tại các vị trí ngập để khơi thông các miệng cống thoát nước và cảnh báo người đi đường những vị trí ngập sâu.

Cũng trong sáng 14/9, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam bộ thông tin nhanh về trận mưa lớn vào đêm 13, rạng sáng 14/9. Cụ thể, mưa lớn xảy ra vào khoảng từ 3 giờ đến 4 giờ ngày 14/9; tại huyện Nhà Bè, lượng mưa đo được lên đến 74 mm; tại khu vực Quận 1, lượng mưa là 99,1 mm; lượng mưa đo được tại Quận 8 là 50 mm. Trên ảnh mây vệ tinh và ảnh radar thời tiết cho thấy mây tiếp tục lan rộng và gây mưa không lớn nhưng kéo dài tại Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh miền Đông, miền Tây Nam bộ vào sáng 14/9. Dự báo mưa lớn còn tiếp diễn tại Nam bộ trong 1 - 2 ngày tới do gió mùa Tây Nam hoạt động mạnh vì bị ảnh hưởng của bão số 10./.