Phí, lệ phí hàng hải quy định tại Thông tư này bao gồm: Phí trọng tải tàu, thuyền; phí bảo đảm hàng hải; phí sử dụng vị trí neo, đậu tại khu nước, vùng nước; phí xác nhận kháng nghị hàng hải và lệ phí ra, vào cảng biển.

Đối tượng chịu phí, lệ phí hàng hải theo biểu phí, lệ phí hoạt động hàng hải quốc tế gồm: Tàu thuyền xuất cảnh, nhập cảnh hoặc quá cảnh vào, rời khu vực hàng hải; tàu thuyền nước ngoài vào hoạt động tại vùng biển Việt Nam không thuộc vùng nước cảng biển; tàu thuyền hoạt động vận tải hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, trung chuyển, quá cảnh tại khu vực hàng hải; tàu thuyền vận tải hành khách từ Việt Nam đi nước ngoài hoặc từ nước ngoài đến Việt Nam; tàu thuyền chuyên dùng hoạt động trên tuyến quốc tế vào, rời khu vực hàng hải; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, trung chuyển được bốc dỡ, giao nhận, bảo quản, neo đậu tại khu vực hàng hải.

Đối tượng chịu phí, lệ phí hàng hải theo biểu phí, lệ phí hoạt động hàng hải nội địa gồm: Tàu thuyền hoạt động hàng hải nội địa vào, rời khu vực hàng hải; tàu thuyền vận tải hàng hóa, hành khách hoạt động hàng hải nội địa vào, rời khu vực hàng hải; tàu thuyền hoạt động trên các tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo; tàu thuyền chuyên dùng phục vụ dầu khí hoạt động tại các cảng dầu khí ngoài khơi, cảng chuyên dùng phục vụ dầu khí trong khu vực trách nhiệm của cảng vụ hàng hải...

Thông tư quy định rõ về lệ phí ra, vào cảng biển đối với hoạt động hàng hải quốc tế. Theo đó, tàu thuyền vào, rời khu vực hàng hải, cảng chuyên dùng, cảng dầu khí ngoài khơi; tàu thuyền nước ngoài hoạt động tại vùng biển Việt Nam không thuộc vùng nước cảng biển phải nộp lệ phí ra, vào cảng biển như sau:

Người nộp lệ phí được nộp một lần cho cả chuyến (gồm 01 lượt vào và 01 lượt rời).

Tàu thuyền hoạt động hàng hải quốc tế khi thực hiện thủ tục trình kháng nghị hàng hải phải nộp phí xác nhận kháng nghị hàng hải: 50 USD/lần./.