Bà Lê Thị Duyên Hải, Vụ trưởng Vụ Kê khai và Kế toán thuế, Tổng Cục Thuế cho rằng, xảy ra tình trạng trên là do trước kia có quy định dự toán hoàn thuế sẽ phân bổ cho từng địa phương và sẽ chi trong hạn mức phân bổ đó.

Việc phân bổ này được quy định chặt chẽ theo Luật Ngân sách. Thực tế vấn đề giao dự toán chi ngân sách đòi hỏi phải có quy trình nghiêm ngặt và bằng hệ thống công nghệ thông tin (Tabmits: Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và kho bạc). Vì vậy, tại một thời điểm nhất định cũng có xảy ra hiện tượng nơi thừa, nơi thiếu trong chi ngân sách hoàn thuế.

Tuy nhiên, Tổng Cục Thuế đã có phương án trình Bộ Tài chính để điều hoà dự toán. Tức là, rút dự toán về, sau đó phân bổ lại. Cách làm này mất nhiều thời gian trong việc giải quyết thủ tục hành chính cũng như các vấn đề liên quan tới toàn bộ hệ thống.

Ngoài ra, Bộ Tài Chính chỉ đạo ngành thuế quản lý dự toán tập trung, Tổng Cục Thuế và Kho bạc Nhà nước liên kết bằng hệ thống điện tử. Theo đó, hàng ngày, cơ quan này nắm rõ toàn bộ tiến độ giải quyết hồ sơ, chi hoàn thuế của từng địa phương, so sánh phần dự toán được Quốc hội giao và phần dự toán còn lại để điều hành hợp lý.

Đến thời điểm này, ngành thuế chưa nhận được phản ánh từ Kho bạc Nhà nước và các địa phương về tình trạng vướng mắc liên quan đến điều hành quỹ hoàn thuế theo phương án mới.

Theo Thông tư 99/2016/TT-BTC bổ sung trách nhiệm của cơ quan thuế trong giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế, ngành thuế xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin để thực hiện hoàn thuế điện tử.

Đồng thời, áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, hỗ trợ người nộp thuế tra cứu thông tin về tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng Cục Thuế.

Thống kê của Tổng Cục Thuế cho thấy, 7 tháng năm 2016, cơ quan này tiếp nhận 13.962 hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Số hồ sơ tiếp nhận năm 2015 chuyển sang là 2.515 hồ sơ đang trong quá trình giải quyết. Như vậy, tổng số có khoảng hơn 16.000 hồ sơ.

Cơ quan này cũng đã ban hành 12.173 quyết định với số tiền thuế được hoàn hơn 58.000 tỷ đồng. Tổng số hồ sơ không thuộc diện được hoàn trong số hồ sơ tiếp nhận là 1.821 hồ sơ với số tiền không đủ điều kiện hoàn thuế là 12.275 tỷ đồng (chiếm 14,2% số thuế đề nghị hoàn của doanh nghiệp)./.