Tính đến thời điểm ngày 12/9, tuyến đường sắt Bắc - Nam (tàu Thống Nhất) đã hoạt động bình thường trở lại sau các thông báo hủy chạy tàu do ảnh hưởng bão và hoàn lưu bão số 3. 

Các mác tàu Thống nhất tiếp tục khai thác theo kế hoạch, ngoại trừ tàu SE20 xuất phát Đà Nẵng ngày 12/9 sẽ được bãi bỏ. Hành khách không đi tàu này được trả lại vé, không thu phí đổi trả vé hoặc bố trí đi tàu khác nếu có nhu cầu. 

Do tình hình mưa lũ tại miền Bắc, từ ngày 12/9, ngành đường sắt tạm ngừng chạy một số đoàn tàu trên tuyến Hà Nội - Hải Phòng, chỉ khai thác 4 chuyến tàu mỗi ngày. 

Theo đó, buổi sáng ngừng chạy tàu HP1 xuất phát ga Gia Lâm và LP2 xuất phát ga Hải Phòng; buổi chiều ngừng chạy tàu LP7 xuất phát ga Gia Lâm và tàu HP2 xuất phát ga Hải Phòng. Các đoàn tàu LP3, LP6, LP8, LP5 sẽ xuất phát và kết thúc hành trình tại ga Gia Lâm (không di qua cầu Long Biên). 

Các đoàn tàu SP3, SP4 tuyến Hà Nội - Lào Cai vẫn tạm ngừng đến hết ngày 15/9 cho đến khi có thông báo mới.

Tổng công ty Đường sắt Việt Nam thông tin, để đảm bảo quyền lợi cho hành khách có vé tàu bị bãi bỏ, có thể trả vé tại các nhà ga sau ngày tàu chạy tối đa 30 ngày và không mất phí trả vé.

Trước đó, tối 11/9, do ảnh hưởng của mưa lũ tại miền Bắc gây ngập đường sắt tại khu vực Phủ Lý (tỉnh Hà Nam), ngành đường sắt đã phải hủy chạy các đoàn tàu xuất phát tại ga Hà Nội gồm: SE1 (Hà Nội - Sài Gòn), SE3 (Hà Nội - Sài Gòn), SE19 (Hà Nội - Đà Nẵng), NA1 (Hà Nội - Nghệ An).