Theo đó, cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất.

Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng.

Bên cạnh đó, dự thảo Luật Thuế giá trị gia tăng (sửa đổi) quy định, cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Dự thảo cũng bổ sung quy định, cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng, hoặc 4 quý thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư, hoặc dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành), nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 1 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Ông Bùi Ngọc Tuấn, Phó Tổng giám đốc Dịch vụ tư vấn thuế của Deloitte Việt Nam cho biết, Luật Thuế  giá trị gia tăng được thông qua năm 2008, có hiệu lực thi hành từ 1/1/2009 và đã được sửa đổi, bổ sung một số lần vào năm 2013, 2014, 2016. Theo đánh giá của cộng đồng doanh nghiệp, luật đã đi vào cuộc sống, tác động tích cực đến nhiều mặt của đời sống kinh tế - xã hội.

Tuy nhiên, với tình hình phát triển kinh tế - xã hội hiện nay và xu hướng phát triển thời gian tới, chính sách thuế giá trị gia tăng đã phát sinh một số hạn chế, cần tiếp tục nghiên cứu hoàn thiện để phát huy hơn nữa vai trò của loại thuế này. Qua thực tiễn hỗ trợ các doanh nghiệp tuân thủ quy định thuế và hải quan, chuyên gia của Deloitte nhận thấy quy định hiện hành đang tồn tại một số vướng mắc phổ biến nên được tháo gỡ, đặc biệt là chính sách thuế giá trị gia tăng đối với khu phi thuế quan, doanh nghiệp chế xuất và hoạt động xuất khẩu.

Ông Bùi Ngọc Tuấn cho rằng, dự thảo Luật Thuế giá trị gia tăng (sửa đổi) lần này, Bộ Tài chính đã đưa ra nhiều nội dung sửa đổi phù hợp hơn với thực tiễn và giải quyết nhiều vướng mắc như phạm vi đối tượng không chịu thuế, kê khai khấu trừ thuế.