Chính phủ ban hành Nghị định số 35/2025/NĐ-CP ngày 25/2/2025 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 1/3/2025. Theo Nghị định, cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường có 30 đơn vị.

Bộ Nông nghiệp và Môi trường là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng chống thiên tai; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thuỷ văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo; viễn thám; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của bộ.