Các nhóm nhiệm vụ trọng tâm của Kế hoạch gồm: Đẩy mạnh cơ cấu lại kinh tế vùng theo hướng hiện đại, lấy khoa học công nghệ, đổi mới sáng tạo, kinh tế số, kinh tế chia sẻ, kinh tế xanh, kinh tế tuần hoàn là trọng tâm; đi đầu trong phát triển các ngành công nghiệp công nghệ cao, các ngành dịch vụ cao cấp, chất lượng cao; Phát triển kết cấu hạ tầng đồng bộ và hiện đại; Xây dựng và phát triển hệ thống đô thị; Phát triển các lĩnh vực xã hội; Quản lý tài nguyên và ứng phó với biến đổi khí hậu; Phát triển kinh tế đối ngoại và hợp tác liên kết vùng, nội vùng; Phát triển hạ tầng phòng cháy, chữa cháy và cứu nạn, cứu hộ; Quốc phòng, an ninh; Đánh giá thực hiện các mục tiêu quy hoạch.

Trong đó, vùng Đông Nam Bộ sẽ phát triển mạnh một số ngành công nghiệp: cơ khí chế tạo, hóa dầu, sản phẩm hạ nguồn của ngành công nghiệp hóa dầu, chế biến sản phẩm từ dầu, hóa chất. Ưu tiên phát triển một số ngành công nghiệp mũi nhọn, công nghệ mới, công nghệ cao như: điện tử - viễn thông; công nghiệp sản xuất robot, thiết bị tích hợp vận hành tự động, điều khiển từ xa, công nghiệp sản xuất phần mềm, sản phẩm số, công nghiệp an toàn thông tin, công nghiệp hóa phẩm, dược phẩm, chế phẩm sinh học, sản xuất thuốc, vaccine, công nghiệp vật liệu mới, công nghiệp môi trường và các ngành công nghiệp hỗ trợ; tăng cường kết nối các khu công nghiệp, khu chế xuất để hình thành các cụm liên kết ngành công nghiệp, tập trung phát triển các cụm liên kết ngành.

Đồng thời, vùng Đông Nam Bộ phát triển mạnh, đồng bộ hệ thống logistics cấp quốc gia, quốc tế gắn với cảng biển, cảng hàng không, cửa khẩu quốc tế, các trục hành lang kinh tế trọng điểm và tuyến thương mại liên vùng tại Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Long Thành, Nhơn Trạch (tỉnh Đồng Nai), thị xã Phú Mỹ (tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu), Tây Ninh. Tập trung xây dựng Trung tâm logistics hàng không gắn với sân bay quốc tế Long Thành, đầu tư phát triển hệ thống logistics cảng tại Bà Rịa - Vũng Tàu và Thành phố Hồ Chí Minh.

Bên cạnh đó, vùng Đông Nam Bộ đẩy mạnh cơ cấu lại nông nghiệp theo hướng phát triển kinh tế nông nghiệp hiệu quả cao, sinh thái, bền vững trên cơ sở áp dụng quy trình sản xuất an toàn; phát triển mạnh kinh tế biển, dịch vụ hậu cần cảng biển, dịch vụ bảo đảm an toàn hàng hải, công nghiệp khai thác, chế biến dầu khí, công nghiệp hỗ trợ và các dịch vụ ngành dầu khí và du lịch biển; phát triển tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thành trung tâm kinh tế biển quốc gia, bao gồm cảng biển du lịch và các loại hình du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng, văn hóa, vui chơi giải trí chất lượng cao.

Về hạ tầng, vùng Đông Nam Bộ ưu tiên phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội, trọng tâm là các dự án giao thông kết nối, các dự án hạ tầng xã hội, hạ tầng khu công nghệ cao, khu công nghiệp; tập trung hoàn thiện mạng lưới giao thông vận tải theo quy hoạch, trong đó tập trung phát triển mạng lưới đường bộ cao tốc, đường vành đai Thành phố Hồ Chí Minh; đầu tư, nâng cấp các cảng hàng không, đặc biệt là cảng hàng không đầu mối của khu vực; tập trung đầu tư kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa, chú trọng kết nối các trung tâm đầu mối với hành lang vận tải thủy chính của vùng; nâng cao năng lực của hệ thống cảng biển; quan tâm phát triển giao thông đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, các tuyến đường sắt đô thị tại Thành phố Hồ Chí Minh; kết nối đồng bộ hệ thống giao thông với các khu kinh tế, khu công nghiệp, cảng hàng không, cảng biển; kết nối đồng bộ hệ thống giao thông với các Khu du lịch, đặc biệt các địa điểm có tiềm năng phát triển thành Khu du lịch quốc gia.