Tổng cục Thuế cho biết, các chính sách thuế đối với thương mại điện tử hay các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thương mại điện tử chịu sự điều chỉnh của các luật: Thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, và một số nghị định, thông tư hướng dẫn thi hành. Nhưng chính sách về thuế trong quy định thương mại điện tử vẫn còn nhiều vướng mắc.

Theo đó, cơ chế thu thuế nhà thầu thông qua bên đại diện cho nhà thầu nước ngoài tại Việt Nam nộp thuế trước khi thanh toán cho nước ngoài không còn phù hợp trong môi trường thương mại điện tử với sự mở rộng của các hình thức kinh doanh đa bên và đa dạng các hình thức thanh toán.

Ngoài ra quy định chưa cụ thể rõ ràng đâu là hàng hóa, dịch vụ cũng như tài sản vô hình được dùng trong thương mại điện tử.

Trong nền kinh tế số sẽ phát sinh nhiều khoản doanh thu/thu nhập mà việc xác định nó là thu nhập từ hoạt động kinh doanh hay phí bản quyền cũng là một thách thức không nhỏ trong quản lý thuế đối với các giao dịch xuyên biên giới. Điều này không những ảnh hưởng đến việc xác định nghĩa vụ thuế đúng, đủ mà còn ảnh hưởng nhiều đến quyền đánh thuế của một quốc gia đối với một khoản thu nhập.

Tổng cục Thuế cho rằng, việc quản lý thuế đối với hoạt động thương mại điện tử này mới dừng ở các biện pháp trước mắt, theo từng vụ việc chứ chưa có chiến lược tổng thể, lâu dài. Việc quản lý thuế đối với thương mại điện tử vẫn gặp khó khăn xuất phát từ đặc trưng vốn có của nền kinh tế số, cũng như các các chính sách chưa được hoàn thiện.

Hiện tại, theo quy định nếu doanh thu bán hàng hóa trên ngưỡng doanh thu chịu thuế (ngưỡng doanh thu quy định hiện hành là từ 100 triệu đồng/năm trở lên) có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân.

Ngành thuế cũng đã có một thời gian gửi tin nhắn đến các tài khoản kinh doanh qua mạng đến kê khai nộp thuế nhưng kết quả không như mong đợi. Do đó, Tổng cục Thuế cho biết, sẽ xây dựng cơ sở dữ liệu riêng để quản lý doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử bao gồm các thông tin: định danh, thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế, thông tin về tính hình tài chính.

Bên cạnh đó sẽ phát triển công cụ tìm kiếm internet phục vụ quản lý theo thông lệ quản lý của các nước phát triển như Anh, Hà Lan để xác định hoạt động thương mại điện tử chưa được kê khai thuế …

Đồng thời, nghiên cứu để có tham mưu đề xuất hoàn thiện hệ thống chính sách thuế đối với thương mại điện tử xuyên biên giới; trong đó sẽ xây dựng quy định cụ thể phân loại sản phẩm trong giao dịch thương mại điện tử là các sản phẩm đặc thù chưa được phân loại rõ trong chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân.

Ngoài ra theo Đại diện Tổng cục Thuế cho biết: để quản lý thuế loại hình thương mại điện tử xuyên biên giới, cơ quan này đang nghiên cứu đề xuất quy định ngưỡng đăng ký thuế giá trị gia tăng đối với các giao dịch xuyên biên giới của các doanh nghiệp không cư trú, không có cơ sở thường trú (Văn phòng…) phù hợp với thực tiễn kinh doanh thương mại điện tử, nâng cao tính tuân thủ, tiết kiệm chi phí hành chính và tránh thất thu thuế giá trị gia tăng./.